1405年（明朝永乐三年）由回族诗人、著名医学家、养生大家丁鹤年在北京菜市口创办鹤年堂医馆和中药铺，他同时也开创了以养生立店的先河。
丁鹤年悬壶济世，他对许多进京赶考的穷书生和穷人免收问诊费，瘟疫流行期间还给贫困人群发放药品。是中国有历史记载的最早的药铺，比同仁堂要早二百多年。老北京人都知道，“丸散膏丹同仁堂，汤剂饮片鹤年堂。”
在鹤年堂有一块珍贵的匾额，上书“调元气”、“养太和”，题写者就是赫赫有名的明代抗倭名将戚继光。明朝名臣杨继盛也极为欣赏鹤年堂吸纳百家的胸怀和显著的养生效果，专门题写了楹联“欲求养性延年物，须向兼收并蓄家。”
鹤年堂原址坐落在现宣武区菜市口大街铁门胡同迤西路北，骡马市大街西口，与丞相胡同相对，与回民聚居的牛街相邻。1999年，原国内贸易部授予鹤年堂“中华老字号”称号。2005年12月，国家有关部门经过长期的认真考证，正式宣布鹤年堂“京城养生老字号，历史悠久第一家”并颁发了匾额和证书。由国家有关部门认定一个企业为“历史悠久第一家”，自民国以来为首次。
鹤年堂历史传承：
鹤年家族120年（1405—1525年）共承袭四代
曹蒲飒家族230年（1525—1755年）共承袭七代
王圣一家族172年（1755---1927年），共承袭四代
刘一峰家族29年（1927—1956年）共两代。
品牌文化
据北京市志载：“本市药业最久、声誉最着者，若鹤年堂……起于明。”
在长达几个世纪的历史长河中，出自御医之家的丁、曹、王、刘四大家族在创建和继承鹤年堂的同时，对中华传统医药进行了孜孜不倦的追求，并以医术精湛、药力独到、养生有方名噪海内外，更成为历代医家妙手施乾坤的殿堂。
因此，在民间素有“丸散膏丹同仁堂，汤剂饮片鹤年堂”的美誉，而明朝名臣杨椒山盛赞鹤年堂的楹联“欲求养性延年物，须向兼收并蓄家”亦流传至今，寓意在鹤年堂名医会聚、名药云集，名方荟萃。
鹤年堂已经挖掘整理了108种药膳、138种药粥、36种药酒、82种药汤等，其中绝大部分来自宫廷秘方和民间验方，组合成益寿药膳、滋补肺阴药膳等不同系列产品，像明嘉靖年间的“长生不老鹤年春酒”、万历年间的“秘制鹤年四宝酒”等都是鹤年堂独有的产品优势。继承历史，开创未来，如今的鹤年堂正蓄势待发，雄心勃勃地提出了三年发展战略规划，目标更是直指打造成中国中药养生行业的强势企业。
董事长臧东坡表示，鹤年堂将整合、优化现有资源，与广州白云区政府共同建立的第一个“鹤年堂养生城”将开业。在吉林建立了北京鹤年堂参茸生产基地，同时，与国家GMP大型企业合作开发新型脑病、肝病、骨病等治疗药品。机遇挑战并存，作为中华文化的代表，将为推动中华文明的发展做出应有的贡献。
今日风采
建国后，1954年公私合营，鹤年堂被并于宣武区医药公司，鹤年堂由此蛰伏二十多年，文革后鹤年堂又恢复老字号品牌，近年来，在政府的重视支持下，鹤年堂充分发挥中华老字号的优势，溯根源、挖祖方、重文化、求创新、树品牌，大力宏扬五千年中医药养生文化，开始了二次创业的历程，如今鹤年堂已发展成包括鹤年堂医药有限责任公司、鹤年堂中医药（养生）研究院、鹤年堂中医门诊、老年病防治中心、鹤年堂连锁药店、鹤年堂（吉林）参茸制品有限公司、鹤年堂（广东）中药材批发中心、鹤年堂科技发展有限公司、天津鹤年堂健康饮品公司、鹤年养生品牌推广项目管理机构等以中医药产业为龙头、以养生保健项目和产品为主，具有集团优势的综合性健康养生产业集团的发展之路。
几百年的历史沧桑使鹤年堂在经营上创出了独到的特点，是古都文化的一部分。1957年鹤年堂成立了中医门诊部，刘春圃、梁宗翰等8名老中医应诊。鹤年堂1999年被国家授予“中华老字号”，2002年组建北京鹤年堂医药有限责任公司，2008年鹤年堂养生文化被列入国家非物质文化遗产。
2012年在各级政府及卫生局的支持和关怀下，在北京市鹤年堂中医门诊部的基础上，于2012年3月成立北京鹤年堂中医医院。医院位于西城区广安门内大街。为患者提供全面的中医服务。
医院坚持以病人为中心，加强医疗管理工作，始终把医疗安全工作放在第一位，依法执业。医院重视医疗质量管理和院感的培训工作。自医院成立以来，本着“便民、高效、廉洁、规范”的服务宗旨，不断完善工作机制，提高医疗技术水平和服务水平，得到了广大患者的普遍认可。